Литер (ударение на «и») это «буква» в переводе с латыни. От этого слова происходят и литература, и литерный рейс, и даже «купите водки литер». И вот о последнем поподробнее, пожалуйста:
В культурном Петербурге при обозначении номеров домов с буквой не ограничились простым русским «улица Ленина, дом 8А», но добавили между цифрой и буквой волшебно-культурное слово «литер», сделав обозначение домов в стиле «39-я Линия В.О., дом 48 литер А», чисто питерской хренью.
Ну а что касается «литерных рейсов», то так авиадиспетчеры обозначают пролёт спецбортов, в которых сидят важные мира сего. А ещё словом «литера» в советские времена обозначали какую-нибудь денежную льготу или привилегию.